Якутский научный центр комплексных медицинских проблем создан по инициативе первого Президента Республики Саха (Якутия) М.Е. Николаева в 2001 г. Первым директором ЯНЦ РАМН и Правительства РС (Я) назначен д.м.н., профессор Алкивиад Исидорович Иванов. В 2002-2006 гг. в ЯНЦ РАМН и Правительства РС (Я) выполнялись 20 тем научно-исследовательских работ, проведена большая научно-организационная работа по консолидации и координации научного потенциала республики. В связи с оптимизацией структуры научно-исследовательских учреждений Российской Федерации в 2007 г. ЯНЦ РАМН и Правительства РС (Я) передан в ведомственное подчинение Сибирского отделения РАМН. В 2014 году учреждение передано в ведение ФАНО России, с последующем переименованием в ФГБНУ “Якутский научный центр комплексных медицинских проблем”.