Якутский научный центр комплексных медицинских проблем создан по инициативе первого Президента Республики Саха (Якутия) М.Е. Николаева в 2001 г. Первым директором ЯНЦ РАМН и Правительства РС (Я) назначен д.м.н., профессор Алкивиад Исидорович Иванов. В связи с оптимизацией структуры научно-исследовательских учреждений Российской Федерации в 2007 г. ЯНЦ РАМН и Правительства РС (Я) передан в ведомственное подчинение Сибирского отделения РАМН, в 2014 г. учреждение передано в ведение в ФАНО России (Минобрнауки России), с последующем переименованием в ФГБНУ “Якутский научный центр комплексных медицинских проблем”.