Якутский научный центр комплексных медицинских проблем (ранее Якутский научный центр РАМН и Правительства Республики Саха (Якутия)) создан по инициативе первого Президента Республики Саха (Якутия) М.Е. Николаева в 2001 г. Первым директором ЯНЦ РАМН и Правительства РС (Я) назначен д.м.н., профессор Алкивиад Исидорович Иванов. В 2002-2006 гг. в ЯНЦ РАМН и Правительства РС (Я) выполнялись 20 тем научно-исследовательских работ, проведена большая научно-организационная работа по консолидации и координации научного потенциала республики. В связи с оптимизацией структуры научно-исследовательских учреждений Российской Федерации в 2007 г. ЯНЦ РАМН и Правительства РС (Я) передан в ведомственное подчинение Сибирского отделения РАМН. В 2014 году учреждение передано в ведение ФАНО России (Минобрнауки России), с последующем переименованием в ФГБНУ “Якутский научный центр комплексных медицинских проблем”.
В  2015 г.  Учреждение реорганизовано в форме присоединения к нему Федерального государственного бюджетного учреждения здравоохранения Больницы Якутского научного центра Сибирского отделения Российской академии наук в соответствии с Указом Президента Российской Федерации от 15 мая 2018 г №215 «О структуре федеральных органов исполнительной власти» и распоряжением Правительства Российской Федерации от 27 июня 2018 г. №1293-р Учреждение передано в ведение Минобрнауки России.

В составе Учреждения 2 научных отдела, включающие в себя 7 научных лабораторий, Арктический медицинский центр, Центр нейродегенеративных заболеваний, научно-организационный и информационно-издательский отдел, Клинику с общеклиническим отделением, дневным стационаром на 10 коек и круглосуточным стационаром на 80 коек (терапевтическое, неврологическое, ревматологическое отделение, отделение реанимации и интенсивной терапии).

В научных подразделениях Центра работают 7 докторов, 21 кандидат медицинских и биологических наук. С целью совершенствования научно-организационной деятельности в ФГБНУ «Якутский научный центр комплексных медицинских наук» создан ученый совет в составе 16 членов – ведущих ученых, специалистов и руководителей крупных клинических баз.

В 2003 г. учрежден научно-практический журнал «Якутский медицинский журнал». В 2007 г. вошел в Перечень рецензируемых журналов, рекомендуемых Высшей аттестационной комиссией Минобрнауки России для публикации материалов диссертаций. С 2018 г. входит в ведущую международную базу цитирований Web of Science.

Приоритетными темами научно-исследовательских работ с 2007 по 2012 гг. являлись: «Атеросклероз: эпидемиология, этиопатогенез и разработка мер профилактики, диагностики и лечения у жителей Крайнего Севера на примере населения Якутии», «Распространенность онкопатологии и выявление риска ее развития, установление патогенетических основ индивидуальной чувствительности к противоопухолевым препаратам у больных в зависимости от этнической принадлежности», «Генетическая эпидемиология моногенных и широко распространенных заболеваний в этнотерриториальных группах населения Республики Саха (Якутия)», «Нейроиммунные и эндокринные механизмы нарушений соматического, психосоматического и репродуктивного здоровья подростков Республики Саха (Якутия)».

С 2013 по 2020 гг. в Центре выполнялись 5 тем НИР согласно Плана фундаментальных исследований РАН на 2013-2020 гг.:

  • Эпидемиологические аспекты злокачественных опухолей в условиях Крайнего Севера, разработка современных методов ранней диагностики, профилактики с использованием высокоинформативных фундаментальных методов исследования.
  • Изучение генетической структуры и груза наследственной патологии популяций Республики Саха (Якутия).
  • Региональные особенности биохимических и иммунологических показателей у коренного и пришлого населения Республики Саха (Якутия) в норме и патологии.
  • Мониторинг состояния здоровья детей Республики Саха (Якутия).
  • Вклад метаболического синдрома в развитие атеросклероза коронарных артерий у жителей Якутии.

С 2022 г. выполняются 4 темы НИР по Государственному заданию:

  • Эпидемиологические, медико-генетические аспекты и разработка методов трансляционной и персонализированной медицины при нейродегенеративных заболеваниях в Республике Саха (Якутия).
  • Региональные особенности биохимических, иммунологических и морфологических показателей у коренного и пришлого населения Республики Саха (Якутия) в норме и патологии.
  • Физическое развитие и состояние здоровья детского населения в условиях Крайнего Севера (на примере Якутии).
  • Изучение груза наследственной патологии и генофонда народов Республики Саха (Якутия).

Установлены тесные научные связи с Эстонским Биоцентром (г. Тарту), с НИИ мозга Университета г. Ниигата (Япония), НИИ медицинской генетики  (г. Томск), Институтом биохимии и генетики УНЦ РАН (г. Уфа), Институтом терапии и профилактической медицины  (г. Новосибирск), НИИ онкологии (г. Томск), НИИ онкологии им. П.А.Герцена (г. Москва), НМИЦ онкологии им. Н.Н. Блохина (г. Москва), НИИ онкологии им. Н.Н. Петрова (г. Санкт-Петербург), Санкт-Петербургским институтом биорегуляции и геронтологии, НИИ охраны материнства и детства Хабаровского филиала Дальневосточного научного центра физиологии и патологии дыхания (г. Хабаровск), Санкт-Петербургским государственным педиатрическим медицинским университетом, Отделением экспериментальной и клинической медицины Университета Politecnica делле Марке, Институтом Медицины (г. Торонто, Италия), Университетом арктической медицины (г. Оулу, Финляндия), Университетом Тромсё – Арктическим университетом Норвегии.